1.引发炎症：由于药流后子宫腔内的胚囊组织可在当天排出，有时妊娠组织物排出不全，子宫膜复旧欠佳，阴道出血时间较长，可持续2-3周，甚至1-2个月。长期慢性失血可引起贫血，使身体抵抗力下降。这时，细菌往往由阴道逆行，而引起子宫内膜炎症。
2.成功率低：自近几年来，很多因药流不清，到医院做清宫手术而导致不孕，引起妇科炎症的例子比比皆是。应用于药流的米非司酮诞生才短短十几年的时间，临床试验还不够充分。
3.造成不孕：药流易导致输卵管堵塞，宫颈粘连，造成不孕;药流不干净，清宫手术不当，也有可能造成不孕;药流对子宫和卵巢的伤害过大，因此也是造成不孕的原因之一。
4.反复的药物流产，尤其是短时间内的，是非常有害的：
(1)首先要了解，使用的药物RU486是孕激素受体拮抗剂，通过“干扰”内分泌才起作用;
(2)卵巢等“干扰”后是需要时间来恢复的，否则难免发生紊乱;
(3)药物流产所造成的出血等是对身体的直接损害;
(4)由于局部损伤，出血，抵抗力低等，还可造成感染;
(5)药物本身就是激素，有肯能完全流产后,卵巢内会长囊肿，需要吃桂枝茯苓胶囊。需要强调指出的是，不少妇女尤其是未婚妇女，往往存在一种错误认识，以为药物流产宛如月经来潮一般，不会影响健康，以致不重视采取有效的避孕措施;一旦发现怀孕便要求药物流产，有的一年内做二三次，显然会损害健康。
